Sur une période de trois ans, des Fidji aux Bahamas, Jean-Michel Cousteau, ses enfants Céline et Fabien et leur équipe, nous entraînent dans un voyage inédit à la découverte des océans, pour en apprendre plus sur les menaces qui pèsent sur la mer. Sa poésie, son sens du spectacle, sa pédagogie et son approche environnementale, ainsi que sa musique enchanteresse, éloignent Merveilles des Mers 3D des documentaires académiques.