En Allemagne, durant la Seconde Guerre mondiale, Jojo Bettzler, 10 ans, intègre un groupe d’entraînement des jeunesses hitlériennes. Cependant, son séjour est de courte durée, car il est blessé par l’explosion d’une grenade à la suite d’une maladresse de sa part. Affligé ironiquement du surnom de JoJo Rabbit par ses anciens camarades, le garçon, solitaire, se console en discutant avec son ami imaginaire, Adolf Hittler. Adepte convaincu de l’idéologie nazie, Jojo devient furieux lorsqu’il découvre une jeune fille juive cachée par sa mère dans leur appartement. Alors que l’Allemagne est sur le point de subir la défaite, il devra choisir entre ses croyances ignobles ou un geste d’humanisme.