Quand Alice se réveille au Pays des Merveilles, elle doit aller dans un nouveau monde mystérieux afin de récupérer un sceptre magique qui pourrait arrêter le Seigneur du Temps avant qu’il avance l’horloge et transforme le Pays des Merveilles en un monde sans vie. Avec l’aide de nouveaux amis, Alice doit également tenter d’enrayer un nouveau complot qui se trame afin de remettre la Dame de Coeur sur le trône.